Вскоре после неудачных F-89B и F-89C, с началом эксплуатации которых в 1951 году было обнаружено множество проблем, конструкторы Northrop занялись изменением конструкции для стрельбы по авиации при помощи неуправляемых ракет Mighty Mouse с использованием радара, а также переработкой крыла для избавления от критических конструкционных недочётов. Для адаптации использования ракет с истребителя было полностью снято пушечное вооружение в пользу установки СУО Hughes E-6, радара AN/APG-40 и компьютера AN/APA-84. Первый полёт новой модификации F-89D Scorpion состоялся уже 23 октября 1951 года, но из-за необходимости в переработке конструкции полномасштабное серийное производство началось только в 1953 году, по окончанию которого было построено 682 истребителя. Их служба не была примечательной: единственный раз, когда F-89D пришлось атаковать другой самолёт, была так называемая «Битва над Палмдейлом», состоявшаяся 16 августа 1956 года. В ходе битвы два перехватчика пытались сбить из ракетного вооружения потерявший управление беспилотный «Хеллкэт», но, несмотря на 10 заходов и 208 выпущенных ракет, они не смогли в него попасть и вернулись на аэродром, а беспилотник упал в 2 часа дня после того, как у него закончилось топливо. С появлением сверхзвуковых перехватчиков F-89D были признаны устаревшими, и в 1959 году они были сняты с вооружения ВВС США, откуда они попали в ВВС Национальной гвардии, где простояли ещё десять лет.

В игру F-89D был введён в обновлении 1.91 «Ночное зрение». Это крайне необычный и очень быстрый перехватчик: он обладает двумя мощными двигателями с форсажной камерой, позволяющими ему быстро разгоняться; кроме того, F-89D имеет необычное ракетное вооружение в лице неуправляемых ракет Mighty Mouse с радиовзрывателем. Эти ракеты довольно сильны при попадании, несложны в наводке по прямолетящим целям, а также имеют большую дальность полёта. Но, с другой стороны, пушечное вооружение более привычно для большинства пилотов, а ракеты имеют значительный разброс и иногда подрываются возле цели, не нанося урона. От своей более ранней модификации F-89B модификация D отличается ракетным вооружением и новыми двигателями.