14 ноября 1939 года, с разгаром Второй мировой войны, Кригсмарине выставило дополнительный заказ на свои торпедные катера Schnellboot. Все машины были идентичны дизайну довоенных катеров серии S-30, отличаясь укороченным и суженным корпусом, а также новыми моторами MB502. Всего было заказано 8 катеров, получивших обозначения от S-54 до S-61. Как и большинство Schnellboot, S-61 был заложен на верфи Lürssen в Бремене. Он был спущен на воду 27 ноября 1940 года и введён в строй 1 февраля 1941 года.

Большую часть своей службы он провёл в Средиземном море, сражаясь против кораблей Союзников. Так, 8 сентября 1943 года S-61 и S-54 находились в Таранто и оказались в неприятной ситуации: Италия капитулировала, и порт должен был быть отдан Союзникам. Вечером катера выставили мины, на которых на следующий день подорвался быстроходный заградитель HMS Abdiel, унеся жизни большей части экипажа и более 100 солдат. 11 сентября они встретили и потопили итальянскую канонерку «Аурора». В 16:50 они встретили итальянский транспортный корабль, который сдался и был отправлен в Венецию. В 17:45 они встретили итальянский эсминец Quintino Sella, направлявшийся на сдачу британцам. Он получил два попадания из торпед и затонул, не нанеся повреждений торпедным катерам. Вечером S-54 и S-61 прибыли в Венецию, где приняли участие в захвате города и разоружении местного гарнизона. Остальная служба S-61 прошла без событий, но о его потере источники расходятся: он или столкнулся с S-36 6 февраля 1945 года, или поднял белые флаги и сдался в Анконе 3 мая.

В игру S-61 был введён в обновлении 2.55 «Девятый вал». Он является одним из старейших дизайнов всего семейства, из-за чего имеет меньшие размеры и значительно меньший экипаж. Ухудшает ситуацию и наличие всего одной, пусть и мощной пушки, потеря которой оставляет моряку только торпеды. Как и другие S-Boot, он может похвастать хорошей скоростью хода.