После запуска Пе-2 205-й серии в производство советские конструкторы не перестали делать различные улучшения к самолёту для увеличения его эффективности. Так, на самолётах 211-й серии были установлены дополнительные крепления наружных бомбодержателей и установлены новые винты ВИШ-61П. На Пе-2 249-й серии была изменена масляная и топливные системы для увеличения мощности двигателя зимой. На 265-й серии была установлена более мощная радиостанция РСБ-3бис. На 271-й для улучшения аэродинамики устанавливались обтекатели внешних бомбодержателей. На 301-й была доработана конструкция люка стрелка-радиста. Наконец, на Пе-2 359-й серии выхлопные патрубки цилиндров двигателей были выполнены индивидуальными, проведены незначительные модификации к мотору и усовершенствована кислородная система. Выпуск самолётов этой серии начался летом 1944 года.

В игру Пе-2-359 был введён во время закрытого бета-тестирования. Это быстрый и манёвренный пикирующий бомбардировщик с крайне высокой скоростью флаттера. С другой стороны, его курсовое и оборонительное вооружение слабо, а самолёт обладает довольно крупными размерами. От Пе-2-205 он отличается лишь небольшими визуальными отличиями, а также его основными противниками.