Несмотря на превосходный опыт применения Sea Harrier FRS.1 в Фолклендской войне, в ней также выделились наиболее значимые проблемы самолёта: его радар Blue Fox был плох в обнаружении целей, летящих ниже «Хэрриэра», вооружение было ограничено, а возможность обороны в ближнем воздушном бою считалась сомнительной. Некоторые проблемы удалось исправить в 1983 году, но требовалась более глубокая модификация. В марте 1990 года министерство обороны указало улучшить самолёты до стандарта Sea Harrier FRS.2, вскоре переименованного в Sea Harrier FA 2. Самолёт получил новый пульс-доплеровский радар Blue Vixen с возможностью атаки низколетящих целей, в том числе ракет. Он также получил даталинк, была переработана кабина пилота, добавлена возможность установки АРЛГСН ракет AIM-120 AMRAAM. Другим улучшение стала установка новый двигатель Pegasus Mk.106 и усиление креплений для подвесного вооружения. В октябре-ноябре 1990 года были проведены морские испытания новой модели самолёта, и 1 июня 1993 года начались их поставки в строевые части. 22 «Хэрриэра» были построены с нуля, остальные были модификациями ранней версии. На вооружении ВМС Великобритании они простояли недолго: уже в 2006 году они были сняты с вооружения в ожидании поступления F-35B.

В игру Sea Harrier FA 2 был введён в обновлении 2.37 «Активный поиск». Из себя он представляет довольно необычную комбинацию: это медленный СВВП с посредственной манёвренностью, но обладающий мощными АРЛГСН AIM-120B и ИК ГСН AIM-9M, отличным радаром и системой ЛТЦ BOL. С другой стороны, пушку можно взять только вместо одной ракеты AIM-120B.